Thứ Tư, Tháng Tám 4, 2021
No menu items!
Home NHÂN TÀI - NHÂN LỰC KHOA HỌC Làm chủ công nghệ giải trình tự gene virus SARS-CoV-2

Làm chủ công nghệ giải trình tự gene virus SARS-CoV-2

(khoahocdoisong.vn) – GS.TS Trương Nam Hải, Viện Công nghệ Sinh học, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam vừa công bố đã hoàn chỉnh và làm chủ công nghệ giải trình tự gene virus SARS-CoV-2.

Độ chính xác tương đương 99,99% 

Đề tài “Giải trình tự de novo virus SARS-CoV-2 gây bệnh viêm đường hô hấp cấp Covid-19 bằng hệ máy giải trình tự thế hệ mới PacBio Sequel” do Viện Công nghệ Sinh học thực hiện vừa được nghiệm thu thành công. Đây là một trong hai nhiệm vụ cấp bách được lãnh đạo Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam (Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam) giao Viện Công nghệ Sinh học (CNSH) thực hiện, nhằm đáp ứng nhu cầu hỗ trợ xử lý dịch bệnh Covid-19 tại Việt Nam năm 2020.

GS.TS Trương Nam Hải cho biết, tại Việt Nam, để giải trình tự hệ gene virus SARS-CoV-2, các đơn vị trong nước sử dụng công nghệ giải trình tự đoạn ngắn. Sau đó lắp ráp và tham chiếu với hệ gene trước đó. Công nghệ này mất nhiều thời gian để đọc được trọn vẹn hệ gene (3 – 4 ngày) và vẫn có sai sót trong khi đọc.

Hiện nay, đây là thiết bị duy nhất ở Việt Nam, nó không phải đọc đoạn ngắn, mà đọc đoạn dài. Đọc đoạn ngắn thì chỉ đọc 100 – 200 nucleotide/đoạn, sau đó lắp ráp thành hệ gene đầy đủ. Nhưng giải đoạn dài thì có thể đọc hàng nghìn, hàng chục nghìn nucleotide/đoạn và việc đọc đoạn dài thì khi lắp ráp để ra một hệ gene sẽ đơn giản và chính xác hơn, độ chính xác tương đương 99,99% tức là lỗi đọc hầu như không có, lắp ráp rất nhanh. Thời gian để giải trình tự, lắp ráp, phân tích thì mất khoảng 2 ngày là có thể xong hệ gene của một virus.

GS.TS Trương Nam Hải cho biết thêm, đề tài đã giải trình tự toàn bộ hệ gene của 4 chủng virus SARS-CoV-2 với chiều dài trên 29.500 nucleotide/hệ gene. Kết quả phân tích cho thấy chủng virus phân lập bởi Viện Pasteur TPHCM chứa 10 đột biến liên quan đến các gene mã hóa Nsp2, Nsp3, RNA primase, helicase, protein S và protein N. 3 mẫu virus còn lại đều có nguồn gốc từ ổ dịch của Bệnh viện Bạch Mai thu thập trong các ngày 25 và 28/3/2020. Các chủng này chứa 5 đột biến giống nhau và có một chủng chứa 6 đột biến. Các đột biến liên quan đến các gene mã hóa protein Nsp3, RNA primase, protein S và N. Cả bốn chủng virus trên đều chứa đột biến D614G ở protein S.

Cây phân loại cho thấy sự tiến hóa của SARS-CoV-2 cũng như thời điểm các chủng lần lượt xâm nhập vào Việt Nam.

Nhìn rõ sự tiến hóa của các chủng đột biến

Theo GS.TS Trương Nam Hải, hệ gene 4 chủng virus trong đề tài do Viện CNSH giải trình tự được phân tích so sánh với trình tự các mẫu virus đã được đưa lên cơ sở dữ liệu GISAID cho đến ngày 25/8/2020 (tổng 75 trình tự) cho thấy sự phân biệt rõ rệt của các chủng theo thời gian và địa điểm, cũng như sự có mặt đủ của 6 nhóm phân loại GISAID (clade) L, S, V, G, GR và GH tại Việt Nam trong năm 2020.

Phân bố của các nhóm virus tại Việt Nam chịu ảnh hưởng lớn của các chủng virus lưu hành trên thế giới: các chủng thuộc các nhóm S, L, V chiếm chủ yếu trong số những người trở về từ Trung Quốc hay có sự liên hệ với các nước châu Á nơi có nhiều giao thương với Trung Quốc trong tháng 1 và 2/2020; Chủng GH liên quan nhiều đến những trường hợp trở về từ Bắc Mỹ, còn chủng GR là từ khu vực châu Âu.

Trong đó, những chủng được giải trình tự trong nghiên cứu này đều có những biến đổi giống với các chủng có nguồn gốc châu Âu và Mỹ, lưu hành từ tháng 3/2020 – thời điểm chủng G (mang đột biến D614G) của virus SARS-CoV-2 bắt đầu lan rộng ra toàn thế giới.

Kết quả so sánh trình tự hệ gene của các chủng virus lưu hành ở Việt Nam cho đến 1/4/2021 cho thấy hiện nay ở Việt Nam đã xuất hiện đủ 8 nhóm (clade S,L,V,G,GR,GH,GV và GRY) của virus SARS-CoV-2 theo phân loại của GISAID với hàng chục biến thể khác nhau.

Việc ứng dụng thành công kỹ thuật giải trình tự hệ gene đoạn dài của PacBio đối với virus SARS-CoV-2 mở ra khả năng giải trình tự hệ gene virus nhanh, chính xác mà không cần dựa vào trình tự gene tham chiếu quốc tế. Dữ liệu giải trình tự hệ gene góp phần vào việc xác định nguồn gốc virus và số lượng nguồn lây (F0) trong các ổ dịch, là cơ sở khoa học, thông tin quan trọng trong xây dựng chiến lược, phương án phòng, chống hiệu quả sự lây lan của virus trong cộng đồng.

TIN MỚI

Sinh viên có bài báo khoa học đăng tạp chí IEEE Access

TTO - Bài báo khoa học của sinh viên Lê Ngọc Huy - Trường ĐH Công nghệ thông tin (ĐH Quốc gia...

GS.TS Lê Đình Lương: Tôi mua được nhà, xe nhờ làm khoa học

(khoahocdoisong.vn) - Là thế hệ đầu tiên nghiên cứu về công nghệ ADN ở Việt Nam, GS.TS Lê Đình Lương đã tự...

“Tạo màng polyme phân hủy sinh học từ tinh bột” đạt giải vàng WICO 2021

(khoahocdoisong.vn) - Một trong những ý tưởng của Việt Nam gửi đi tham dự Olympic Đổi mới và...

LEAVE A REPLY

Please enter your comment!
Please enter your name here

- Advertisment -

TIN LIÊN QUAN

Thí sinh 21 tuổi đoạt giải cuộc thi thiết kế đồ họa VFCD

Phương án thiết kế đoạt giải nhất. NDĐT - Ngày 3/8/2021, Ban tổ chức Liên hoan Sáng tạo...

Dệt may Việt Nam chỉ sau Trung Quốc cung ứng quần áo cho toàn cầu

TTO - Việt Nam giữ vị trí thứ hai là nước cung ứng hàng dệt may toàn cầu năm 2020, sau khi...

Sinh viên có bài báo khoa học đăng tạp chí IEEE Access

TTO - Bài báo khoa học của sinh viên Lê Ngọc Huy - Trường ĐH Công nghệ thông tin (ĐH Quốc gia...

Đại diện WHO: Việt Nam đi đúng hướng trong ứng phó với COVID-19

Trưởng Đại diện WHO tại Việt Nam Kidong Park đánh giá, dù đợt dịch này rất khó khăn, nhưng các ứng...

Recent Comments

88Vin - Cổng Game 88Vin, Hệ thống game Quốc Tế 88 & 365

Tặng CODE Gamvip. Hướng dẫn tải Gamvip 88Vin

Game nổ hủ G88 quốc tế G88, 88Vin

Tải game M88 game bài đổi thưởng

1R88.vin Game quốc Tế R88

Nhận CODE W88 Vin, GIFTCODE 1W88

Game V88 Vin, Tải game V88

Nổ hủ G365 WIN, Tải game G365.win

M365 Cổng Game Quốc Tế M365 88VIN

Tải W365 game. Hệ thống game W365.win

R365.win Nổ hủ to R365, Cách tải game 88Vin

Tặng Code choang.vip, Nổ hủ cùngchoang club